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過氧化氫殺菌是通過氧化作用進行的，但是在進行氧化殺菌的同時，不可避免會帶來對材料的腐蝕性。

制藥企業中，過氧化氫對材料腐蝕性的表現，不同的材料對過氧化氫的氧化型抵御能力是不同的，而在制藥中由于生產工藝復雜，不同的滅菌介質不同材料呈現效果不同的腐蝕性。
過氧化氫的腐蝕性相較于過氧乙酸，二氧化氯等較小一些，但對一些材料也有腐蝕性，其中最有代表性的材料如彩鋼板，鍍鋅板，因為這兩款材質都易受到過氧化氫的腐蝕。且表現不同。

1) 彩鋼板
彩鋼板是藥企的“標配”，過氧化氫對彩鋼的腐蝕形成的原因大體可以總結如下：首先過氧化氫對彩鋼板的鋼不會形成腐蝕，其次，過氧化氫對彩鋼板的腐蝕性主要是對彩鋼板表面的油漆層有了腐蝕作用，彩鋼板質量的一個重要的衡量指標就是油漆層的致密性，越密的越好，這點對于過氧化氫的腐蝕尤其重要。過氫化氫對彩鋼板的腐蝕是由于過氧化氫進入了鋼板和油漆層的頭縫，在分解形成水和氧氣過程中，造成油漆層起泡和脫落。
2)鍍鋅板
鍍鋅板主要用于高效的管道中，類似彩鋼板，過氧化rnc 不會對板體腐蝕，但是會氧化掉板上的涂層(電鍍工藝)，該層涂層很薄，因此會被過氧化氫*滲透，從而消失，其表象為鍍鋅板的褪色。

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在針對于細菌芽孢、真菌（霉菌）和孢子等高抗性微生物污染時，需要用到高效消毒劑（傳統消毒方式主要有含氯消毒劑、過氧乙酸、過氧化氫等成分），但這同時帶來一個難題——腐蝕性問題。因為多數的消毒劑，特別是氧化性消毒劑都具有一定或較高的腐蝕性，對現場的設備或材料的狀態和壽命有較大的影響。